Phylogenetic tree construction
Upon successful completion of this course, students should be able to
use dynamic programming for pairwise alignment, to understand how
multiple sequence alginment algorithms work, to have a clear understanding
of the UPGMA and maximum parsimony phylogenetic tree
algorithms, and to know how biomarkers are associated with disease,
to know various databases for DNA and protein sequences.
Additional course material in French
La bioinformatique est la branche de l'informatique appliquée
à une partie
de la biologie : la recherche sur les gènes et les protéines.
Elle propose
des méthodes qui permettent de gérer, d'organiser, de
comparer, d'analyser
et d'explorer l'information génétique stockée dans les
bases de données.
Les travaux pratiques du cours visent principalement à
présenter de manière interactive :
- La base de données de l'ADN et des protéines sur
l'Internet.
- Les outils bioinformatiques pour réaliser des analyses basiques
concernant les séquences des nucléotides et d'acides
aminés, comme par
exemple :
- les alignements par paires et multiples,
- la visualisation des structures tridimensionnelles des
protéines.
- La structure des gènes et les zones des limites entre introns
et
exons.
- Différents genres de mutation.
- Les régions conservées dans les protéines.
- Le fait que les protéines sont des molécules biologiques
importantes
et que leur structure est reliée à leur fonction.
- Un ensemble de principes scientifiques basiques reliés
à la variabilité de la génétique humaine.
- Le processus de recherche et le développement d'une
compréhension
avancée de la nature et des méthodes de la science.
Additional slides in French covering some of the topics of
the first two chapters of my lecture notes. Please make sure to
read all the lecture notes in English as well. The slides in
French supplement and do not replace the lecture notes:
Course Requirements
Problem Set:
One homework assignment.
No late homework will be accepted.
The homework is due in the beginning of the
lecture on Wednesday, July 28, 2010.
The cover sheet
for the homework.
Hands-On Exercises:
Material for the hands-on exercises, such as sequences of genes,
articles, etc... will be posted here.
The seven sequences for the BRCA1 gene
hands-on exercise:
sequences_BRCA1.txt
BRCA1/2 mutations in Swiss patients
with familial or early-onset breast
and ovarian cancer by
Schoumachera et al., Swiss Med Wkly 2001; vol 131: 223-226
Exam:
In-class, closed notes, and comprehensive on Friday, July 30,
11:00-12:15.